Dynamics of gene regulatory cell cycle network in Saccharomyces cerevisiae

Abstract

Bu tezde Saccharomyces cerevisiae hücresinin, hücre döngüsü içindeki gen regülasyon dinamiği incelendi. Hücre döngüsünü kontrol eden genlerin zaman içindeki ekspresyon değerlerini bulmak için matematiksel yöntem olarak asenkron biçimde güncellenen Bool tipi ağlar kullanıldı. Dinamiğin çekicileri ve bunların kararlılığı stokastik transfer matrisi kullanılarak incelendi. Rastgele ağlar ile karşılaştırıldığında hücre döngüsü ağının değişik dinamik özellikler sergilediği gösterildi. Sistemin sırayla geçtiği durumları gözlemlemek için bir entropi ölçüsü tanımlandı. Deneylerde görülen G1, S, G2 ve M fazlarının, ağın entropisinin yerel ekstremum noktalarına karşılık geldiği gözlendi.

In this thesis, the genetic regulatory dynamics within the cell cycle network of the yeast Saccharomyces cerevisiae is examined. As the mathematical approach, an asynchronously updated Boolean network is used to model the time evolution of the expression level of genes taking part in the regulation of the cell-cycle. The attractors of the model's dynamics and their stability are investigated by means of a stochastic transition matrix. It is shown that the cell cycle network has unusual dynamical properties when compared with similar random networks. Furthermore, an entropy measure is employed to monitor the sequential evolution of the system. It is observed that the experimentally identi¯ed cell cycle phases G1, S, G2 and M correspond to the stages of the network where the entropy goes through a local extremum.