Türkiye yerli sığır ırklarının büyüme hormon geni polimorfizmi

Abstract

ÖZYÜKSEK LİSANS TEZİTÜRKİYE YERLİ SIĞIR IRKLARINDA BÜYÜME HORMON GENİPOLİMORFİZMİCihan (TABAK) BAKLACIÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİFEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜZOOTEKNİ ANABİLİM DALIDanışman :Prof. Dr. Numan ÖZCANYıl :2005. Sayfa: 62Jüri :Prof. Dr. Numan ÖZCANProf. Dr. Mehmet TOPAKTAŞProf. Dr. Tamer KAYAALPBu çalışmada PCR-RFLP yöntemi kullanılarak beş Anadolu yerli sığır ırkı ve bir kültür sığırırkının, büyüme hormon geni polimorfizmi bakımından gen ve genotipik frekansları belirlendi. Yerliırklardan Boz Irk (BI), Yerli Kara (YK), Yerli Sarı (YS), Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) ve Kilis(Ki) sığırları ile egzotik bir ırk olan Siyah Alaca (SA) sığırlarından olmak üzere toplam 125 genomikDNA örneği alındı ve büyüme hormon geni polimorfizmi bakımından incelendi. Analizde Msp Ienzimi kullanıldı. RFLP işlemi sonucunda üç genotip elde edildi. Alleller birbirlerine kodominantolduklarından elde edilen genotipler AA, AB ve BB olarak harflendirildi. Tüm popülasyonlargenelinde AA genotipinin 0.31, AB genotipinin 0.63 ve BB genotipinin 0.06 frekanslarına sahipolduğu bulundu. Irklar düzeyinde ise AB genotipinin frekansının SA'da 0.95, Ki'de 0.85 ve DAK'da0.72'da görüldü. Beş Anadolu yerli ırkında BB genotipinin varlığına rastlandığı halde SA egzotikırkında hiç BB genotipine rastlanmadı. Tüm popülasyonlar genelinde A allelinin gen frekansı 0.628, Ballelinin gen frekansı 0.372 bulundu. Polimorfik allel (B) bakımından en yüksek frekansa (q) sırasıylaKi (0.525), SA (0.475) ve DAK(0.417) ırklarının sahip olduğu görüldü. Tüm ırklar için hesaplanangözlenen heterozigotluk (Ho), beklenen heterozigotluk (He) değerlerinden yüksek bulundu.Popülasyonların ortalama Ho değerinin (% 63) He (%47) değerinden yüksek oluşu popülasyonlarınyüksek genetik çeşitliliğini göstermesi bakımından önemli bulundu. Hardy-Weinberg dengesine göreKi ve SA popülasyonları dışındaki diğer popülasyonlar dengede bulundu (p<0.01 ve p<0.05). Yapılanistatistiksel analizde polimorfik allelin görülme sıklığının tesadüfi değil ırklara göre değiştiği bulundu(p=0.0209). Irkların polimorfik allel dağılımı bakımından birbirleri ile karşılaştırılması sonucunda Ki-YS, Ki-BI, SA-YS, SA-BI (p<0.01 ve p<0.05) ve DAK-BI (p<0.05) ırklarının birbirlerinden farklıoldukları görüldü. Ki ve SA ırkları q allel frekansı bakımından yüksek grupta yer aldı.Daha önce yapılan çalışmalarda q allelinin B. indicus'dan köken aldığı ve yüksek sütveriminden sorumlu olduğu bildirilmiştir. SA'nın ve yerli ırklarımızdan Ki ve DAK'ın diğer ırklaragöre daha yüksek oranda B. indicus genine sahip oldukları söylenebilir. Ki ve SA'nın diğer Anadoluırklarına göre yüksek süt verimine sahip olduğu bilinmektedir. Bu çalışma bireysel verim kayıtları ilebGH (sığır büyüme hormonu) genindeki polimorfizmler arasındaki ilişkinin incelenebilir olduğunugösteren bir ön çalışma niteliğindedir.Bu çalışma Anadolu yerli sığır ırklarının ve egzotik bir ırk olan SA ırkının bGH gen lokusubakımından genetik çeşitliliğini ortaya koymuştur.Anahtar Kelimeler: Büyüme hormon gen polimorfizmi, Anadolu yerli sığır ırkları, PCR-RFLP.I

ABSTRACTMSc THESISBOVINE GROWTH HORMONE GENE POLYMORPHISM INTURKISH INDIGENOUS BREEDSCihan (TABAK) BAKLACIDEPARTMENT OF ANIMAL SCIENCEINTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCESUNIVERSITY OF ÇUKUROVASupervisor :Prof. Dr. Numan ÖZCANYear :2005, Pages: 62Jury :Prof. Dr. Numan ÖZCANProf. Dr. Mehmet TOPAKTAŞProf. Dr. Tamer KAYAALPIn the present study it was determined that genotype and allele frequencies for bovine growthhormone gene polymorphisms of five Turkish indigenous breeds and one exotic breed by PCR-RFLPmethodology. A total of 125 genomic DNA isolated from five Anatolian breeds (YK-Anatolian Black,BI-Anatolian Grey, Ki- Kilis, AS- Anatolian Yellow, DAK- East Anatolian Red) and one exotic breed(SA-Siyah Alaca) were genotyped for bGH gene polymorphism. Three genotypes were obtained to theresult of Msp I digestion. Both alles was codominant so genotypes were entitled as AA, AB and BB.AB genotype was predominant when considered whole populations mean (0.63). Three breeds hadhigher frequency with regard to AB genotype (SA (0.95), Ki (0.85) and DAK (0.72)). BB genotypehad the lowest frequency among populations (0.06). Although all the Anatolian breeds had BBgenotype, it was absent in SA population. Overall allele frequencies of A and B were 0.628 and 0.372,respectively. The frequency of allele q in Ki (0.525), SA (0.475) and DAK (0.417) breeds was higherthan other breeds. The observed heterozygosity (Ho) was higher than the expected heterozygosity (He)for all of the breeds and for the population as a whole, Ho was above He (with a mean of 63 versus 47%), reflecting the elevated genetic variability in those populations. All of the populations were inaccordance with HWE, except Ki and SA (p<0.01 and p<0.05). Statistical results showed that genefrequency of allele B was depend on breeds (p=0.0209). There was a significant association betweenpolymorphic allele (B) frequency and breeds. There were differences between Ki-AS, Ki-BI, SA-AS,SA-BI (p<0.01 and p<0.05) and DAK-BI (p<0.05) breeds when they were compared forpolymorphism. Ki and SA were differed from other breeds and took place in with high frequencygroup according to comparison result.In the previously studies, it was shown that B allele was orginated from B. indicus andresponsible for high milk production. It could be said that those three breeds (Ki, SA and DAK) hadhigher proportion of B. indicus genes than others. It was known that Ki and SA breeds had highermilk production than others, as well. That study showed that it was worth to research associationbetween milk traits and bGH locus polymorphism in another study.The present study showed that genetic variations of five Anatolian indigenous breeds and oneexotic breed (SA) for bGH gene polymorphism.Key Words: Bovine growth hormone gene polymorphism, Anatolian indigenous breeds, PCR-RFLP.II