Arpa`da (Hordeum vulgare L.) endojen sirevirüs analizi

Abstract

Bu çalışmada, ilk kez soya bitkisinde bulunmuş olan SIRE1 retrotranspozonu, IRAP yöntemi ile arpa bitkisinde araştırıldı. Çalışmada, tek bir bitkiye ait 10 günlük dört kök ve 10 günlük dört yaprak analiz edildi. Kontrol materyali olarak olgun arpa embriyosu kullanıldı. IRAP analizi sonucu olgun embriyo, kök ve yaprak DNA'larında polimorfik bantlar gözlendi. Embriyo, kök ve yapraklardaki polimorfizm oranı % 0-64 arasında bulundu. Embriyolar arasında % 0-27, kökler arasında % 8-60 ve yapraklar arasında da % 11-50 oranında polimorfizm gözlendi. Farklı bitkilere ait kökler ve yapraklar arasında görülen polimorfizm aynı fideden elde edilen kök ve yapraklarda da tespit edildi (% 11-64). IRAP analizinin yanı sıra SIRE1 retrotranspozonunun gag, rt ve env domenleri de embriyo, kök ve yapraklarda analiz edildi. Embriyo, kök ve yapraklarda bu domenlerin buluınduğu tespit edildi. Env ve rt domenlerinin analizi sonucunda örneklerin bant profillerinin farklı olduğu gözlendi. Bu farklılık, gelişim sürecinden kaynaklanabilir veya domenler içerisindeki dizilerin duplikasyonu veya delesyonu ile ortaya çıkabilir. SIRE1 gag, env, rt domenlerinin dizi analizi gerçekleştirildi. BLAST analizi sonuçlarına göre SIRE1 retrotranspozonunun Ty1- copia retrotranspozonlarına benzerlik oranı, gag domeninde %79, rt domeninde %84 ve env domeninde %95 olarak bulundu.

In this study, it was investigated activation of SIRE1 retrotransposon on barley by using IRAP technique. It was used 4 root and 4 leaf DNA belong to same seed. We used mature barley embryos as control material. It was observed polymorphic band patterns for embryo, root and leaf DNA at the end of IRAP analysis. It was found that polymorphism rates among embryo, root and leaf between 0-64 %. Polymorphism rates was determined among embryos 0-27 %, among roots 8-60 %, among leaves 11-50 %. Polymorphism which was seen among different roots and leaves, was also seen roots and leaves belong to same seed (% 11-64).In addition to IRAP analysis, it was analyzed gag, rt and env domains in embryos, roots and leaves. It was detected these domains in embryos, roots and leaves. It was observed different band patterns in samples at the end of rt and env analysis. This variation results from developmental period, sequence duplication or sequence deletion. SIRE1 gag, rt and env domains was sequenced. As a result of BLAST analysis, it was found that similarities of SIRE1 retrotransposon to Ty1- Copia retrotransposons were 79 % for gag domain, 84 % for rt domain and 95 % for env domain.