Yarık el/ayak yapısal bozukluğunun genomik teknikler ve biyoenformatik yaklaşımlar ile incelenmesi

Abstract

Yarık el/ayak bozukluğu, gelişim sırasında el ve ayaklardaki orta parmakların eksikliği ile meydana gelen nadir genetik bir bozukluktur. Akraba evliliği oranının yüksek olduğu bölgelerde Mendelyen otozomal resesif (OR) kalıtım modeline göre kalıtılan hastalıkların görülme sıklığının artmasına sebep olmaktadır. Yeni nesil dizileme ve dizilim teknolojileri ile OR kalıtım gösteren birçok genetik hastalığın altında yatan gen ve bölge belirlenebilmiştir. Tez kapsamında OR kalıtım modeline uygun 4 aileye mensup toplam 41 birey incelenmiştir. Ailelerde SNP dizilimi, homozigot haritalama, bağlantı analizi ve ekzom dizileme yöntemlerinin farklı kombinasyonları kullanılarak ilişkili aday varyantların tespiti amaçlanmıştır. MA134 ailesinde daha önce hastalık ile ilişkilendirilmiş WNT10B geninde NM_003394.4

Split hand/foot malformation is a rare genetic disorder characterized by missing middle digits in hand and foot. Genetic diseases that inherited according to Mendelien autosomal recessive (AR) model have a higher prevelance in regions with higher consanguineous marriages. Many of the genetic disorders with AR inheritance has been identified with next generation sequencing and array technologies. In this study total of 41 individuals from 4 families with consanguineous marriages were studied using different combinations of SNP array, homozygous mapping, linkage analysis, and exome sequencing methods to identify pathogenic candidate variants. Analyses performend on MA134 family revealed NM_003394.4:c.994C>G:p.Arg332Gly pathogenic variant in SHFM related WNT10B gene. Analyses performed on MA136 family revealed NM_003394.4:c.343C>T:p.Arg115Ter pathogenic also on WNT10B gene. Analyses performed on MA154 family showed CNV gain on SHFM related 10q24 region. No pathogenic variants or genomic regions have been discovered by analyses performed on MA135. Alongside analyses of 4 families, two software has been developed. First one is to automatizing pipelines used in next generation sequencing and second one for annotating VCF format after raw data analyses as well as filtering variants and in family analyses. Links: https://pypi.org/project/seq-pigeon/ and https://pypi.org/project/seq-dove/Key Words: SHFM, Developmental Genetics, Bioinformatics, NGS, SNP array