SSCP yöntemi ile beta-talasemi mutasyonlarının belirlenmesi

Abstract

ÖZET SSCP Yöntemi İle P-Talasemi Mutasyonlannın Belirlenmesi Hemoglobinopatiler genetik hastalıklar içinde en yaygın olanıdır. Orak hücre anemisi ve p-talasemi hemoglobin hastalıklarının büyük bir kısmını oluştur. Her iki hastalık da 11 nolu kromozom üzerindeki P globin genindeki mutasyonlardan meydana gelmektedir. Talasemi; hemoglobinin yapısındaki globin zincirinden bir veya birden fazlasının yapım azlığı veya hiç yapılmama durumudur. P-talasemide genel moleküler patoloji p gen bölgesindeki tek gen mutasyonudur. Ülkemizdeki talasemi mutasyonları çok heterojendir. Toplam 35' in üzerinde mutasyon olduğu bilinmektedir. Mutasyonlarm dağılımı bölgeler arasında büyük farklılıklar göstermektedir. Çukurova bölgesinde p-talasemi daha yaygın olarak görülmekte olup beta geni üzerinde 20 farklı mutasyon belirlenmiştir. PCR-SSCP amplifiye edilmiş DNA da dizi değişikliğini belirlemek için basit ve güçlü bir tekniktir. PCR temeline dayalı ön tarama yöntemlerini seçerken maliyeti ile birlikte hassasiyet ve çok sayıda örneğin birlikte incelenmesi de önemlidir. SSCP' de 200 baz çiftlik PCR ürünleri kullanıldığında tek baz değişimi için hassas bir yöntem olarak bilinmektedir. Bu çalışmada amplifiye edilmiş çift zincirli DNA örnekleri kullanarak mutasyonlarm varlığını gösteren en iyi deney koşulları belirlendi. Anahtar Sözcükler: P-talasemi, Anormal Hemoglobin, PCR, SSCP ıx

ABSTRACT Detection of {^-Thalassemia Mutations By SSCP Hemoglobinopathy is one of the most widespread among genetic disorders. Sickle cell anaemia and p-thalassaemia are two most famous hemoglobin disorders. Both diseases occure because of the same reason that is the mutations of P globin on the 11 th chromosome. Thalassaemia is a condiction in which reduction or absence of one or more of globin chains found in hemoglobin, is observed. General molecular patology in p-thalassaemia is the single gene mutation in P gene region. Talasemia mutations in our country are very heterogeneus. It is known that there are more than 35 mutations in total. There are big differences in the distribution of mutation among regions. In Çukurova region p-talasemia is the most commonone and over 20 different mutations on P gene were determined. PCR-SSCP is a simple and effective technique in determining sequence changes in amplified DNA. In selection of pre-scan PCR based methods besides its cost, the sensibility and examination of many samples together is important. SSCP is known as the most sensitive method for single change when 200 bp PCR products are used. In this study by using double stranded PCR product the most useful conditions were determined to existance of mutation by SSCP. Key Words: P-thalassaemia, abnormal hemoglobin, PCR, SSCP