Spinal misküler atrofi hastalarında SMN geni ekzon 7 ve 8`in moleküler analizi

Abstract

ÖZET Spinal Müsküler Atrofi Hastalarında SMN Geni Ekzon 7 ve 8'in Moleküler Analizi Spinal müsküler atrofi (SMA), sinir ve kası tutan (nöromüsküier) bir grup kalıtsal hastalığa verilen addın Karakteristik olarak omuriliğin Ön boynuz hücrelerinde dejenerasyon meydana gelir. Spinal müsküler atrofi yaklaşık olarak 1/6.000 -10.000 canlı doğumda görülen, 1/40-60 oranında taşıyıcı frekansına sahip en yaygın otozomai resesif hastalıklardan birisidir. Spinal müsküler atrofi moleküler düzeyde, SMNİ (telomerik survival motor nöron geni) geninde homozigot ekzon 7 ve S delesyonlannın gösterilmesi ile teşhis edilir. SMA hastalarının %945ünde SMNİ eson 7 ve 8 de veya yalnızca exon 7 de nomozigot delesyon görülmüştür. Homozigot ekzon 7 ve 8 delesyonunun belirlenebilmesi işin yaygın olarak PCR-RFLP yöntemi kullanılır. Bu yöntemin haricinde, mutasyon ön tarama yöntemlerinden biri olan PCR-SSCP yöntemi de ekzon 7 ve 8'in homozigot kaybını göstermek için kullanılmaktadır. Fakat SMA'ya neden olan intragenik mutasyonların ve birleşik (compound) heterozigotların belirlenmesinde SSCP'den daha çok faydalanılmaktadır. Çalışmamızda RFLP yöntemi ile, tüm SMA hastalarında (tiplerine bakılmaksızın) ortalama olarak %92,4 (49/53) oranında SMNİ geni homozigot ekzon 7 ve 8 delesyonu tespit edildi. Tiplerine göre de Tip 1 hastalarının %94,7 (18/19)'sinde, Tip 2 hastalanma %91,6 (ll/12)5sında, Tip 3 hastalarının % 89,4 (17/19)'ünde homozigot delesyon bulundu. Ekzon 7 ve 8'de homozigot delesyonu olmayan fakat klinik bulgulara göre SMA hastası olan 4 kişinin, SSCP yönteminde çalışılan farklı elektroforez koşullarından en az birinde kontrollerden farklı yani birleşik heterozigot genotipli hasta olduğu belirlendi Anahtar sözcükleri RFLP, SMA, SMN geni, SSCP

ABSTRACT Molecular Analysis of Exon 7 and 8 of SMN Gene in Spina! Muscular Atrophy Patients The spinal muscular atrophy (SMÂ) is a group of disorder which is clinically and genetically heterogeneous group of disorders. They are characterized by primary degeneration of the anterior horn cells of the spinal cord. Spinal muscular atrophy is one of the most common autosomal recessive disease, affecting approximately 1 in 6.000-10.000 live births and having a carrier frequency of approximately 1 in 40-60. SMA of ail types is associated with homozygous mutations in SMN1 (the teiomeric survival motor neuron 1 gene). The homozygous deletion of homozygous SMN1 exon 7 - 8 or exon 7 alone are seen approximately 94% of individuals with SMA. The most commonly used method to confirm deletion of homozygous exon 7 - 8 is a qualitative PCR-RFLP assay. Alternatively, PCR-SSCP can be used to analyze exons 7 and 8 of SMN. Single strand conformation polymorphism (SSCP) analysis is used to determine of intragenic mutations and compound heterozygote. In our study, overlooking SMA types,SMNl gene homozygote exon 7 and 8 deletion by RFLP method is determined at ratio of 92.4 % (49/53). According to the types, homozygote deletion is determined in 94,7 % (18/19)of type 1 patients, 91,6 % (11/12) of type 2 patients, and 89,4 % (17/19) of type 3 patients. In 4 patients diagnosed as SMA by clinical findings but determinedby PCR-RFLP not having homozygote deletion in exon 7 and 8, at least one of the electrophoresis conditions studied hy SSCP method was found t© be different from controls. Key Words: RFLP, SMA, SMN gene, SSCP xfi