Doğada serbest yaşayan acanthamoeba türlerinin genotiplendirilmesi

Abstract

Acanthamoeba türleri doğada serbest olarak yaşayan, musluk suları, hazır sular, kontakt lens solüsyonları, toprak, hava, toz, yüzme havuzları ve kaplıcalar da bulunabilen parazitlerdir. Acanthamoeba türleri immün sistemi zayıf olan insanlarda ve hayvanlarda Granülomatoz Amebik Ensefalit (GAE) ve keratite sebep olmaktadır. Ayrıca akciğer, deri, kemik, böbrek üstü bezleri, kulak ve sinüslerde de enfeksiyon etkenidir.Acanthamoeba türlerinin morfolojik kriterleri temel alınarak 24?den fazla türü tanımlanmıştır. Bugün moleküler yöntemlerle 18S rRNA gen bölgesi kullanılarak Acanthamoeba?nın en az 16 farklı genotipi (T1- T16) izole edilmiştir, bu genotiplerden T4 çevresel kaynaklarda baskındır. Bu çalışmada Adana, Afyon, Kütahya, Niğde ve Mersin illerinden 50 su ve 50 toprak örneği toplandı. Mikroskop ve kültür incelemeleri sonrasında Acanthamoeba?nın 18S rRNA gen bölgesi hedef alınarak bütün örneklere PCR çalışıldı. PCR yöntemi ile su örneklerinin 21?i (%42) pozitif, 29?u (%58) negatif bulunurken toprak örneklerinden 23?ü (%46) pozitif ve 27?si (%54) negatif bulundu. Su ve toprak örneklerinde kültür ve PCR yönteminin duyarlılığı ve özgüllüğü %100 bulundu. Adana, Afyon, Niğde ve Mersin illerindeki su örneklerinden %100 oranında Acanthamoeba castellanii (T4) izole edilirken Kütahya?dan %10 Acanthamoeba griffini (T3) ve %90 Acanthamoeba castellanii (T4) izole edildi. Bununla birlikte Afyon, Niğde ve Mersin?deki toprak örneklerinde %100 oranında Acanthamoeba castellanii (T4), Adana?dan %67 Acanthamoeba castellanii (T4), %33 Acanthamoeba griffini, Kütahya?dan %80 Acanthamoeba castellanii (T4) ve %20 Acanthamoeba griffini izole edildi. Sonuç olarak Acanthamoeba türlerinden Acanthamoeba castellanii?nin Türkiye?de baskın olduğu görüldü. ANAHTAR KELİMELER: A. castellanii, A. griffini, Su örnekleri, Toprak örnekleri Türkiye

Acanthamoeba species are free-living protozoan parasites that diffuse the enviroment and can be found in tap, mineral waters, contact lens solutions and soil, dust, air, swimming pools and thermal waters. Acanthamoeba species lead to Granulomatous Amebic Encephalitis (GAE), a chronic nervous system disaeses of immunocompromised humans and animals and amoebic keratitis. Also species of Acanthamoeba cause infections of the lungs, skin, bones, adrenal gland, and sinuses. Acanthamoeba species identified of more than 24 species have been found based on morphological criteria. Currently, moleculer techniques, sequencing of 18S rRNA genes, are being used to the species phylogeny of Acanthamoeba. Based on sequence differences 16 genotypes (T1-T16) and of these genotype T4 predominates among enviromental sources. In this study 50 water samples and 50 soil samples were taken from Adana, Afyon, Kütahya, Niğde and Mersin cities of Turkey. After using microscopy and cultivation methods 18S rRNA gene as PCR target for Acanthamoeba species and all of samples were examined by PCR method. The sensitivity and specificity of both culture and PCR methods were 100% in water and soil samples. Twenty one (42%) of the 50 water samples were found positive, 29 (58%) water samples were found negative, 23 (46%) soil samples were found positive and 27 (54%) soil samples were found negative according to PCR method. In this investigation, 100% Acanthamoeba castellanii (T4) species were isolated from water samples in Adana, Afyon, Niğde and Mersin cities while 90% Acanthamoeba castellanii and 10% Acanthamoeba griffini (T3) were isolated from water samples in Kütahya city. However, 100 % Acanthamoeba castellanii (T4) were isolated from soil samples in Afyon, Niğde and Mersin cities. Also 67% Acanthamoeba castellanii (T4), 33% Acanthamoeba griffini isolated from soil samples in Adana, while 80% Acanthamoeba castellanii (T4) and 20% Acanthamoeba griffini (T3) were isolated from soil samples in Kütahya. As a result of the study, it has also been shown that Acanthamoeba castellanii dominant species among of Acanthamoeba species in Turkey. KEYWORDS: A.castellanii, A. griffini, water samples, soil samples, Turkey