Adana ve mersin illeri karpuz ve kavun alanlarında mevcut karpuz mozaik virüsü (Watermelon mosaic virus, wmv)`nün karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışma, Adana (Kozan, Ceyhan, Karaisalı, İmamoğlu ve Karataş) ve Mersin (Silifke,ve Tarsus) illerinde karpuz ve kavun üretimi yapılan alanlarda Karpuz mozaik virüsü' (Watermelon mosaic virus, WMV)'nün saptanması ve karakterizasyonu amacıyla 2019 yılı ilkbahar ve yaz aylarında yürütülmüştür. Arazi çıkışlarında karpuz ve kavun bitkilerinde gelişme geriliği, renk değişikliği, deformasyon, mozaik, kabarcıklaşma, genç sürgünlerde iplikleşme ve çiçek azalması gibi WMV simptomları gösteren 119 bitkiden (64 karpuz ve 55 kavun) örnekleme yapılmıştır. Toplanan örnekler öncelikle DAS-ELISA yöntemi ile testlenmiş ve 11 karpuz ve 10 kavun örneğinin WMV ile infekteli olduğu ortaya çıkmıştır. WMV'ye spesifik WMV-3 (CCCAYCAACTGTYGGAAG) ve WMV-5 (GGCTTCTGAGCAAAGATG) primer çifti kullanılarak yapılan RT-PCR çalışmaları sonucunda 408 bp büyüklüğe sahip bandlar elde edilmiştir. RT-PCR çalışmaları sonunda Tarsus (WMV-6, kavun), Tuzla (WMV-7, kavun), Silifke (WMV-13, karpuz), Kozan (WMV-19, karpuz) izolatları alındıkları bölge ve bitki türü dikkate alınarak seçilmiş ve dizi analizi ve filogenetik sınıflandırma çalışmalarında kullanılmıştır. Bu çalışmada elde edilen WMV izolatları, Türkiye (EU660579), Kore (AB369278), Fransa (JF273463 ve JF273462), İtalya (FJ823122) ve Japonya (AB353119)'dan bildirilen WMV izolatları ile % 86,8-% 97,7 oranında benzerlik göstermiş ve filogenetik ağaç üzerinde WMV'nin şiddetli ırkının dahil olduğu G3 grubunun EM3 alt grubunda yer almıştır..

This study was carried out in the spring and summer of 2019 with the aim of detection and characterization of Watermelon mosaic virus (WMV) in watermelon and melon production areas in Adana (Kozan, Ceyhan, Karaisalı, İmamoğlu and Karataş) and Mersin (Silifke and Tarsus) provinces. Sampling was done from 119 plants (64 watermelons and 55 melons) showing WMV symptoms such as development retardation, discoloration,, deformation, mosaic, bubbling, spinning and flower reduction in young shoots in surveys. The collected samples were first tested by DAS-ELISA method and 11 watermelon and 10 melon samples were found to be infected with WMV. As a result of RT-PCR studies using WMV-specific WMV-3 (CCCAYCAACTGTYGGAAG) and WMV-5 (GGCTTCTGAGCAAAGATG) primer pairs, 408 bp size bands were obtained. At the end of RT-PCR studies, Tarsus (WMV-6) melon, Tuzla (WMV-7) melon, Silifke (WMV-13) watermelon, Kozan (WMV-19) watermelon isolates were selected by considering the region and plant species and used in sequence analysis and phylogenetic classification studies. WMV isolates obtained in this study showed % 86,8-% 97,7 similarities with WMV isolates reported from Turkey (EU660579), Korea (AB369278), France (JF273463 and JF273462), Italy (FJ823122) and Japan (AB353119) and took place in EM3 sub-group of the G3 group that included severe strains of WMV in phylogenetic tree.