Doğu Karadeniz bölgesindeki gökkuşağı alabalığı (Onchorhynchus mykiss) çiftliklerinde hastalık oluşturan Pseudomonas türlerinin genetik analizi

Abstract

Bu çalışmada, 2013 Ocak ve 2014 Haziran tarihleri arasında, Doğu Karadeniz Bölgesi'ndeki balık çiftliklerinden izole edilen Pseudomonas türleri üç tane referans gen ile çalışılmıştır (16S rRNA, rpoD ve rpoB). Daha iyi bir tanımlama amacıyla, 28 tane Pseudomonas suşu biyokimyasal testler ve Pseudomonas türleri için özel primerler tarafından analiz edilmiştir. Çalışmanın sonucunda, gen ağaçları Pseudomonas fluorescens grubu ve Pseudomonas putida grubu olarak adlandırılan iki gruba ayrılmıştır. Çalışmada kullanılan Pseudomonas suşları genellikle, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas putida ve Pseudomonas sp. olarak ve iki suş Pseudomonas lundensis ve bir suş ise Pseudomonas baetica olarak tanımlanmıştır. Bu çalışma aynı zamanda Pseudomonas suşları için, rpoD geninin 16S rRNA ve rpoB genine göre daha iyi bir ayrım gücüne sahip olduğunu göstermiştir.

In this study, between January 2013 and June 2014, Pseudomonas species, which were isolated from fish farms of the East Black Sea Region, studying with three housekeeping genes (16S rRNA, rpoD and rpoB). The purposes of improved identification, 28 Pseudomonas strains were analyzed using biochemical tests and special primers for Pseudomonas species. As a result of this study, gene trees discrimination of two groups, called Pseudomonas fluorescens group and Pseudomonas putida group. Pseudomonas strains, which were used in this study, were determined as Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas putida and Pseudomonas sp. and two strains were of these Pseudomonas lundensis and one of Pseudomonas baetica. This study also demonstrated that the rpoD genes have improved discriminative power than 16S rRNA and rpoB genes for Pseudomonas strain.