Giresun ve Samsun illerinden alınan su örneklerinde Cryptosporidium spp.`nin moleküler teknikler kullanılarak araştırılması

Abstract

Bu çalışmada, 2012, 2013 sonbahar; 2013, 2014 ilkbahar aylarında Giresun veSamsun illerinde belirlenen toplam 45 istasyondan 420 çevresel, 120 içme suyuörneği alınmıştır. Alınan su örneklerinden DNA izole edilerek Nested PZR ile 18SrRNA geni, İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) yöntemiyle SAM-1hedef geni kullanılarak Cryptosporidium parvum'un varlığı araştırılmıştır. Kullanılaniki metotla, Samsun ve Giresun illerinden alınan içme suyu örneklerinin hiç birindeCryptosporidium DNA'sına rastlanılmamıştır. Samsun il ve ilçelerinden alınan 240çevresel su örneğinin 101'i (%42) LAMP yöntemi ile, 92'si (%38.3) Nested PZRyöntemi ile Cryptosporidium'un varlığı açısından pozitif bulunmuştur. Giresun il veilçelerinden alınan 180 çevresel su örneğinde LAMP yöntemiyle 74 (%41.1), NestedPZR ile 70 (%38.8) örnekte Cryptosporidium DNA'sı tespit edilmiştir.Nested PZR yöntemiyle pozitif olan örnekler PZR-RFLP tekniği kullanılarak RsaIrestrüksiyon enzimiyle kesilmiştir. Elde edilen kesim ürünleri değerlendirildiğindetüm pozitif örneklerin C. parvum türüne ait olduğu gözlenmiştir. 18S rRNA genbölgesinin çoğaltıldığı PZR ürünlerinden 18 örneğin sekansı alınmıştır.Samsun ve Giresun il sınırlarında yer alan çevresel ve içme suyu kaynaklarında sukökenli protozoonlar ile ilgili çalışmalar yok denecek kadar azdır. Bu çalışmaylaaraştırma alanında su kirliliğine neden olan su kökenli protozoon Cryptosporidiumtürlerinin tespiti uluslararası kabul görmüş moleküler tekniklerle sağlanmıştır. Gerekbölgedeki halk sağlığı için tehlikeli protozoonun varlığının tespitiyle halk sağlığınıkorumaya yönelik temel bir çalışma olması gerekse yapılacak diğer çalışmalar içinkaynak oluşturması bu çalışmanın önemini vurgulamaktadır.Anahtar Kelimeler: Cryptosporidium parvum, Moleküler teknikler, Samsun,Giresun

In this study, 420 environmental samples and 120 drinking water samples werecollected from a total of 45 stations of Samsun and Giresun provinces in the periodof 2012, 2013 falland 2013, 2014 spring. DNA isolated from water samples were investigated by Nested PCR for 18S rRNA gene and Loop mediatediso thermalamplification (LAMP) for SAM-1 target gene. There are not any Cryptosporidium'sDNA by this two methods was found in drinking water samples collected fromSamsun and Giresun Provinces. One hundred one (%42), 92 (%38.3) of 240environmental samples has been found positive by LAMP, Nested PCR respectivelyin the province of Samsun. Seventy four (%41.1), 70 (%38.8) of 180 environmentalsamples were positive by LAMP, Nested PCR respectively in the province ofGiresun.The samples of which are positive by Nested PCR has been cut with RsaI restrictionenzyme by using PCR-RFLP method. When there sulting of cut product sevaluated,all positive samples have been observed as C. parvum. These quence of twenty onesamples which are 18S rRNA gene PCR products has been obtained.There are a few study about water-borne protozoans in environmental and drinkingwater resources of Samsun and Giresun Province. The water-borne protozoan G.intestinalis which are causes of water pollution in the in vestigated region weredetermined by the internationally accepted molecular techniques in this research. Theimportance of this study was to establish both a basic work for protecting publichealth by detecting the presence of the danger ous protozoan in the in vestigated areaand the source for other next studies.Key Words: Cryptosporidium parvum, Molecular methods, Samsun, Giresun