Detection of deletion mutations in duchenne muscular dystrophy patients by DNA analysis

Abstract

vii ÖZET Rekombinant DNA yöntemlerinin uygulamaya konulması sonucu, genetik (kalıtsal) hastalıkların doğum öncesi tanısı son yıllarda giderek yaygınlaş mıştır. Bu uygulama ile tanı konulması, gebeliğin sonlandırılması kararına yol açabildiğinden hasta doğan çocuk sayısında azalma sağlanmıştır. En ağır ve sık görülen nöromuskûler hastalık olan Duchenne kas erimesi nin doğum öncesi tanısı için rekombinant DNA yöntemlerinin uygulanması, tümleyici DNA (cDNA) problannın elde edilmesiyle kolaylaştırılmıştır. Daha önceleri aynı amaçla, cDNA probları kullanılarak delesyon (dizi azalması) mu- tasyonlannın doğrudan belirlenmesi yönteminden çok daha fazla çaba ve za man gerektiren restriksiyon enzimi parça uzunluğu polimorfizmi` çalışma larından yararlanılıyordu; hâlâ da cDNA problannın yetersiz kaldığı koşul larda bu yöntem kullanılmaktadır. Bu tez çalışmasında kullanılmış olan cDNA probları ile kısmî gen delesyonlarının yüzde 70'i belirlenebilmektedir. Duchenne kas erimesi çok sık görülen bir hastalıktır, ve Duchenne geninin proteininin belirlenmiş olmasına rağmen tedavisi kısmen bile olsa bulunma maktadır. Bunun yanısıra rekombinant DNA yöntemleri kullanılmadan ne doğum öncesi tam, ne de taşıyıcı tanısı mümkündür; diğer toplumlarda da olduğu gibi Türk toplumunda da hasta sayısının azaltılmasının tek yolu rekom binant DNA yöntemlerinin uygulanmasıdır. Bu tezi oluşturan konular, DNA analiz yöntemlerinin laboratuvarımızda oturtulması ve riskli ailelerde taşıyıcı tanısı ve doğum öncesi tanı şartlarının optimize edilmesidir.

vl ABSTRACT In utero diagnosis of genetic abnormalities has become increasingly com mon in recent years, largely as a result of the application of recombinant DNA techniques. This has reduced the number of affected liveborn children, since the results of the tests may lead to a decision to terminate the pregnancy. The application of recombinant DNA technology to prenatal diagnosis of Duchenne muscular dystrophy (DMD), which is the most severe common neuro muscular disorder, was complicated until complementary DNA (cDNA) probes had been isolated. During that period, use was made of restriction fragment length polymorphism (RFLP) studies, requiring more effort and time than direct detection of deletion mutations by cDNA probes; yet RFLP is the only method to analyse DNA in cases where cDNA probes are not informative. About 70 per cent of partial gene deletions can be detected by cDNA probes used in this thesis. The incidence of this lethal disease is high and there is no treatment or cure yet, although the protein coded by the Duchenne gene has been isolated. Moreo ver, prenatal diagnosis and carrier state determination is not possible without recombinant DNA techniques, and this is the only way to reduce the incidence of the disease in the Turkish population as In all populations. The main topics of this thesis are the establishment of DNA analysis tech niques in our laboratory and the optimization of the conditions for prenatal di agnosis and carrier detection for families at risk for DMD.