Human factor VIII HindIII RELP: Genotypic distrubution and use for carrier detection of hemophilia a in the Turkish population

Abstract

Tİ ÖZET Hemofili A ve B vakalarında taşıyıcı belirlenmesi ve doğum öncesi tanısı gen içindeki veya dışındaki restriksiyon enzimi parça uzunluğu polimorf izinlerinin analizi ile olasıdır. DNA polimorf izinleri hasta ailelerde hastalıkla ilgili mutasyonu izlemek için kullanılabilir. Bu yaklaşım birçok hemofili vakalarında olduğu gibi mutasyonun tam yeri bilinmediği durumlarda yararlıdır. Genellikle özel restriksiyon enzimleriyle kesilmiş genomik DNA'nın radyoaktif işaretlenmiş problarla hibritleştirilmesinin yapıldığı Southern blot metoduyla uygulanmaktadır. Yakın zamanda, Southern blot'tan daha hızlı ve kolay olan yeni bir metod geliştirilmiştir. Bu metod polimeraz zincir reaksiyonu ile polimorfik yerlerin çoğaltılması, çoğaltılmış DNA'nın kesimi ve kesilmiş DNA'nın agarose jelinde analizi bölümlerinden oluşmaktadır. Bu tezde, bu yeni metod 150 normal kromozomda geniçi Faktör VIII Hindin polimorf izminin genotipik dağılımını belirlemek amacıyla uygulanmıştır. Türk populasyonu için bilinmeyen beklenen heterozigot sıklığı 0.47 olarak belirlenmiştir. Bu sıklık farklı batı Avrupa toplumlarında elde edilenlerden yüzde 12 ile 56 arası daha yüksektir.vii HindlII polimorf izmi daha sonra taşıyıcı tanısı için hemofili A'lı ailelerin taranmasında kullanılmıştır. Çalışılan 11 aileden beş tanesi informatif bulunmuştur. Bu da Türk populasyonunda HindlII bölgesinin hastalık takibinde çok kullanışlı bir polimorfizm olduğu tahminini doğrulamaktadır. Daha sonraki analizlerde beş informatif aile içinde beş kişi taşıyıcı olarak belirlenmiştir.

İT ABSTRACT Carrier detection and prenatal diagnosis of Hemophilia A and B have been made possible with the analysis of Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) within the gene or outside the gene. The DNA polymorphisms can be used as linkage markers to follow the mutations associated with the disease in afflicted families. This approach is useful in cases where the exact location of the mutation is not known as in most Hemophilia cases. It has been performed usually with Southern blots, where radioactively labeled probes are hybridized to genomic DNA that is digested with specific restriction enzymes. Recently, a new method has been developed which is faster and easier than the Southern blots. It is based on the amplification of the polymorphic sites by the polymerase chain reaction, digestion of the amplified DNA and analysis of the digestion patterns on agarose gels. In this thesis, this new method was used to determine the genotypic distribution of the intragenic Factor VIII Hindlll polymorphism in 150 normal chromosomes. The expected heterozygote frequency which was unknown for the Turkish population was determined to be 0.47. This frequency is 12 to 56 per cent higher than those which were obtained in different western European Caucasian populations.The HindlII RFLP was then used to screen a number of families afflicted with Hemophilia A to detect carriers. Out of 11 families studied, five were found to be informative which confirms the prediction that the HindlII polymorphism will be a highly useful marker in the Turkish population. Upon further analysis, five individuals were identified as carriers within the five informative families.