Pisum sativum Subsp. Elatius (M. bieb.) Asch. & Graebn. için yanıklık hastalığının (Ascochyta pisi Lib.) moleküler tekniklerle tanısı

Abstract

Yanıklık hastalığı ya da kara leke tarımı yapılan bezelyenin en çok verim kayıplarına neden olan hastalıklarından birisidir ve Ascochyta pinodes, A. pisi, Phoma pinodella, P. koolunga, P. herbarum, P. glomerata ve Boerema exigua var. exigua'yı içeren karmaşık patojenik mantarlar tarafından meydana getirilmektedir. Bezelye cinsinde (Pisum L.), tek yıllık yabani bir tür olan P. elatius (M. Bieb.) Asch. & Graebn. Orta ve Kuzeybatı Asya ile Türkiye'nin de dahil olduğu Akdeniz'e kıyısı olan Avrupa ülkelerinde doğal olarak yayılış göstermektedir. Bu tür Türkiye, Toros Dağlarında bazı yerlerde yanıklık hastalığından muzdariptir. Ascochyta yanıklığı lezyonları olan yapraklar Göynük Kanyonu (Rakım:1000 m) Kemer, Antalya folarısından toplanmış fakat tür adı belirlenememiştir. Bu nedenle bu çalışma moleküler tekniklerle P. elatius'un yanıklık hastalığının teşhisini amaçlamaktadır. Yapraklar üzerindeki semptomların ascochyta yanıklığına benzer dairesel ve oval şeklillerde olduğu görülmüştür. Hastalık örnekleri PDA (patates dekstroz agarı) ortamında 2-7 gün arasında bekletilmiş ve sonrasında gelişen ascochyta yanıklığına morfolojik olarak benzer olan koloniden saf kültür elde edilerek 7 ile 14 gün arasında inkübe edilmiştir. CTAB metodu kullanılarak mantar izolatlarından DNA ekstraksiyonu yapılmıştır. Moleküler olarak tanı amacıyla ITS bölgeleri (ITS-1, 5.8S rDNA subunit, ITS-2) ITS4 ve ITS5 primerleri ile PCR yapılmış ve PCR ürünleri dizilenmiştir. BLAST analizi sonuçlarına göre hastalığın GenBank'taki dizilerin karşılaştırılmasıyla % 99 oranında Ascochyta pisi Lib. ile örtüştüğü tespit edilmiştir. Bu tez çalışması ülkemizde Pisum elatius türünde yapılan ve ascochyta yanıklığının incelendiği ilk çalışmadır. Patojenin P. elatius ile birlikte evrimleştiği düşünülmektedir.

Ascochyta blight or black spot is one of the most devestating disease of the cultivated pea (Pisum sativum L.) and caused by a complex of pathogenic fungi consisting of Ascochyta pinodes, A. pisi, Phoma pinodella, P. koolunga, P. herbarum, P. glomerata and Boerema exigua var. exigua. In the genus Pisum L., P. elatius (M. Bieb.) Asch. & Graebn., annual wild pea species, is a native species to Middle and northwest Asia and the Europe-Mediterranean region including Turkey. It is suffered from ascochyta blight in some sites in Toros Montains, Turkey. Characteristic lesions on leaves of ascochyta blight were collected in Goynuk Canyon (c. 1000 m asl) in Kemer, Antalya, Turkey but its species has been unclear. Therefore, the present study was aimed diagnosing ascochyta blight of P. elatius via molecular techniques. Symptoms on leaves were circular to oval such as ascochyta blight. Samples were placed on PDA plates for 2 to 7 days, and colonies with morphological characteristics typical of pea ascochyta blight were single-spored and transferred to new PDA plates and incubated for 7 to 14 days. DNA was extracted from small pieces of fungus isolates using CTAB method. For molecular characterization, internal transcribed spacer (ITS) regions (ITS-1, 5.8S rDNA subunit, ITS-2) were amplified with PCR primers ITS 5 and ITS 4. Based on BLAST analysis result, the sequence had 99% nucleotide identity with the corresponding sequence in GeneBank for Ascochyta pisi Lib. To our knowledge, this is the first report of ascochyta blight of P. elatius in Turkey. The pathogen is considered to be co-evolved with P. elatius.