Epidemiological study of Pseudomonas aeruginosa using different molecular typing methods

Abstract

Bu çalışmada kullanılan 225 adet P. aeruginosa izolatı Nisan 2015-Eylül 2015 tarihleri arasında Duhok ve Erbil / Irak'taki büyük hastaneden toplandı. Bunların 136'sı (% 60,4) erkeklerden, 89'u (% 39.6) kadınlardan izole edildi. Rasgele seçilen (Erbil ve Duhok bölgesi dahil her ilden 50) 100 adet P. aeruginosa izolatı antibiyotik duyarlılığı testine tabi tutuldu. Ticari kit kullanılarak çıkarılan genomik DNA konsantrasyonunun ortalaması 1.8 saflık ile 115.25 ng/μl, geleneksel yöntemle çıkarılan genomik DNA'nın ortalama konsantrasyonunun saflık değeri 1.6 saflık ile 1930.22 ng/μl bulundu. Tüm bu izolatların P. aeruginosa olduğu moleküler seviyede teyit edilmesi için tüm suşlarda 16srDNA loküsünün yaklaşık 956 bp'lik bir moleküler ağırlığa sahip olan tek bir bandını üreten genom başarıyla amplifiye edildi. Beş virülanla ilişkili genin (Opr-1, tox-A, ekzo-S, las-B ve nan-1) taranması sonucu bu izolatların onda birinin (% 10) herhangi bir test edilmiş virülans belirteçlerinden yoksun olduğunu ortaya koydu. Patojenite varlığı göstergesi için bir belirteç olarak oprI, diğer tüm virülans belirteçleri arasında izolatların 90'ında (% 90) en baskın belirteçti ve bunu takiben toks-A ve ekzo-S her ikisi de 86'sında (% 86) idi. las-B geninin yaygınlığı 82'inde (% 82) ve nan-1 35'inde (% 35) ile bulundu. Beş metalo β-laktamaz (MβL) geninin (Vim-1, imp1, spm-1, sim ve gim) saptanmasının sonuçları patojenite varlığının göstergesi olan Vim1, diğer tüm antibiyotik direnç belirteçleri arasında 46 (% 46) iken en baskın belirteç, bunu takiben imp1and spm-1 miktarları sırasıyla 45 (% 45) ve 35 (% 35) iken, sim geni miktarı 27 (% 27) ve gim 24 (% 24) bulundu. Genişletilmiş Spektrum β-laktamaz (ESβL) genlerini (oxa10, veb1 ve oxa2) içeren, patojenite belirteci olan oksa10 diğer tüm antibiyotik direnç göstergelerinin 91'ini (% 91), takip eden veb1 ve oksa2 sırasıyla 66(% 66) ve 36(% 36) olduğu belirlendi. P. aeruginosa izolatları (100) aynı zamanda iki ana kümeye atamak için ERIC-PCR parmak izi analizine tabi tutuldu. İzolatların % 92'si A Grubu ki; 46 izolat (% 46) alt grupA1'e aitti ve incelenen suşların 46'sı (% 46) alt grup A2 idi, grup B sadece %8'i temsil ederken 4'er (% 4) adet iki alt grupta oldukları belirlendi. Bu çalışmada da, P. aueroginosa klinik suşlarından onbeş izolat seçildi ve OprD porin kodlayan OPrD geni kullanılarak tek nükleotid polimorfizmlerine (TNPs) tabi tutuldu ve kullanılan P. aureoginosa Str.PA12 (erişim numarası KJ482587.1) ile karşılaştırıldı. Bir referans suş olarak. OPrD geninin tüm sıralı fragmanının % 3.77'sini muhafaza eden.19 polimorfik bölgede on dokuz nokta mutasyon ikamesinin (TNP) olduğu gözlemlendi. Bunlardan altısı (6/19) transversiyon tipi muhasebe % 31.57 iken, on üçü % 68.42 (13/19) geçiş idi. Transversiyon mutasyonu nedeniyle 328/503 bölgesinde sadece bir tane SNP sadece amino asit değişikliği (sens mutasyonu), diğer tüm mutasyonlar sessiz yer değiştirmelerle sonuçlandı. Dört allelotip tespit edildi. Dokuz suşun aynı amino asit değiştirmelerini G328C'yi (Val 110 Lucien) paylaştığı ortaya çıkarıldı. Çalışılan suşların dendogram analizi, klinik soyların iki ana küme halinde sınıflandırıldığını ortaya koydu; ilk küme iki alt gruba ayrıldı; (P. aureoginosa suşları1, 3, 4, 8, 13 ve 14); (P. aureoginosa suşları 2 ve 12); diğer küme aynı zamanda iki alt gruba (P. aureoginosa suşlar 5 ve 15) ve (P. aureoginosa 6,7, 9,10 ve P. aureoginosa 11) ayrılmıştır. Çalışma izolatlarının yaklaşık 53.3'ü referans suş P. aureoginosa Str.PA12 ile ayrılırken, suşların 46.6'sı diğer küme ile görevlendirildi

Bu çalışmada kullanılan 225 adet P. aeruginosa izolatı Nisan 2015-Eylül 2015 tarihleri arasında Duhok ve Erbil / Irak'taki büyük hastaneden toplandı. Bunların 136'sı (% 60,4) erkeklerden, 89'u (% 39.6) kadınlardan izole edildi. Rasgele seçilen (Erbil ve Duhok bölgesi dahil her ilden 50) 100 adet P. aeruginosa izolatı antibiyotik duyarlılığı testine tabi tutuldu. Ticari kit kullanılarak çıkarılan genomik DNA konsantrasyonunun ortalaması 1.8 saflık ile 115.25 ng/μl, geleneksel yöntemle çıkarılan genomik DNA'nın ortalama konsantrasyonunun saflık değeri 1.6 saflık ile 1930.22 ng/μl bulundu. Tüm bu izolatların P. aeruginosa olduğu moleküler seviyede teyit edilmesi için tüm suşlarda 16srDNA loküsünün yaklaşık 956 bp'lik bir moleküler ağırlığa sahip olan tek bir bandını üreten genom başarıyla amplifiye edildi. Beş virülanla ilişkili genin (Opr-1, tox-A, ekzo-S, las-B ve nan-1) taranması sonucu bu izolatların onda birinin (% 10) herhangi bir test edilmiş virülans belirteçlerinden yoksun olduğunu ortaya koydu. Patojenite varlığı göstergesi için bir belirteç olarak oprI, diğer tüm virülans belirteçleri arasında izolatların 90'ında (% 90) en baskın belirteçti ve bunu takiben toks-A ve ekzo-S her ikisi de 86'sında (% 86) idi. las-B geninin yaygınlığı 82'inde (% 82) ve nan-1 35'inde (% 35) ile bulundu. Beş metalo β-laktamaz (MβL) geninin (Vim-1, imp1, spm-1, sim ve gim) saptanmasının sonuçları patojenite varlığının göstergesi olan Vim1, diğer tüm antibiyotik direnç belirteçleri arasında 46 (% 46) iken en baskın belirteç, bunu takiben imp1and spm-1 miktarları sırasıyla 45 (% 45) ve 35 (% 35) iken, sim geni miktarı 27 (% 27) ve gim 24 (% 24) bulundu. Genişletilmiş Spektrum β-laktamaz (ESβL) genlerini (oxa10, veb1 ve oxa2) içeren, patojenite belirteci olan oksa10 diğer tüm antibiyotik direnç göstergelerinin 91'ini (% 91), takip eden veb1 ve oksa2 sırasıyla 66(% 66) ve 36(% 36) olduğu belirlendi. P. aeruginosa izolatları (100) aynı zamanda iki ana kümeye atamak için ERIC-PCR parmak izi analizine tabi tutuldu. İzolatların % 92'si A Grubu ki; 46 izolat (% 46) alt grupA1'e aitti ve incelenen suşların 46'sı (% 46) alt grup A2 idi, grup B sadece %8'i temsil ederken 4'er (% 4) adet iki alt grupta oldukları belirlendi. Bu çalışmada da, P. aueroginosa klinik suşlarından onbeş izolat seçildi ve OprD porin kodlayan OPrD geni kullanılarak tek nükleotid polimorfizmlerine (TNPs) tabi tutuldu ve kullanılan P. aureoginosa Str.PA12 (erişim numarası KJ482587.1) ile karşılaştırıldı. Bir referans suş olarak. OPrD geninin tüm sıralı fragmanının % 3.77'sini muhafaza eden.19 polimorfik bölgede on dokuz nokta mutasyon ikamesinin (TNP) olduğu gözlemlendi. Bunlardan altısı (6/19) transversiyon tipi muhasebe % 31.57 iken, on üçü % 68.42 (13/19) geçiş idi. Transversiyon mutasyonu nedeniyle 328/503 bölgesinde sadece bir tane SNP sadece amino asit değişikliği (sens mutasyonu), diğer tüm mutasyonlar sessiz yer değiştirmelerle sonuçlandı. Dört allelotip tespit edildi. Dokuz suşun aynı amino asit değiştirmelerini G328C'yi (Val 110 Lucien) paylaştığı ortaya çıkarıldı. Çalışılan suşların dendogram analizi, klinik soyların iki ana küme halinde sınıflandırıldığını ortaya koydu; ilk küme iki alt gruba ayrıldı; (P. aureoginosa suşları1, 3, 4, 8, 13 ve 14); (P. aureoginosa suşları 2 ve 12); diğer küme aynı zamanda iki alt gruba (P. aureoginosa suşlar 5 ve 15) ve (P. aureoginosa 6,7, 9,10 ve P. aureoginosa 11) ayrılmıştır. Çalışma izolatlarının yaklaşık 53.3'ü referans suş P. aureoginosa Str.PA12 ile ayrılırken, suşların 46.6'sı diğer küme ile görevlendirildi