TEZLERhttps://acikbilim.yok.gov.tr/handle/20.500.12812/3786552024-03-28T12:28:21Z2024-03-28T12:28:21ZDüzce ili konuralp mahallesi geleneksel yerleşim dokusunun değerlendirilmesi ve koruma önerileriAkcakaya, Yaseminhttps://acikbilim.yok.gov.tr/handle/20.500.12812/7429892023-09-22T12:44:05Z2019-01-01T00:00:00ZDüzce ili konuralp mahallesi geleneksel yerleşim dokusunun değerlendirilmesi ve koruma önerileri
Akcakaya, Yasemin
Düzce ilinin merkez ilçesine bağlı olan ve merkeze 6 km uzaklıkta konumlanan Konuralp, tarihi M.Ö. 3. yüzyıla kadar dayanan antik Roma kenti Prusias Ad Hypium üzerine kurulmuştur. Roma, Bizans, Osmanlı ve Cumhuriyet dönemlerine ait tarihsel katmanlaşmanın gözlemlenebildiği çok kültürlü bir yerleşimdir. Yerleşmenin tarihi dokusu içinde 20. yy.' da inşa edilen geleneksel konutların dışında antik döneme ait tiyatro, köprü, surlar, su kemeri, çeşme ve Osmanlı dönemine ait cami, hamam, türbe, hazire ve çeşme yapıları bulunmaktadır. Çalışma kapsamında geleneksel dokuya ilişkin analizler yapılmış, bu analizlerin sonucu olarak dokudaki bozulmalar ve koruma sorunları tespit edilmiştir. Özgün niteliklerini önemli oranda koruyarak günümüze ulaşmış geleneksel yapıların mimari özellikleri tanımlanmıştır. Konuralp geleneksel yerleşimindeki koruma durumu sit alanı kararları, tescil kararları ve güncel projeler üzerinden değerlendirilmiştir. Geleneksel yerleşim ve arkeolojik sit alanlarındaki sorunların çözülebilmesi için yerleşim ölçeğinde koruma önerileri geliştirilmeye çalışılmıştır. Geleneksel dokunun arkeolojik sit alanları çevresinde konumlanmasıyla çok katmanlı özgün bir dokuya sahip olan Konuralp yerleşimi için bütüncül bir yaklaşımla koruma önerisi geliştirmek çalışmanın temel hedefidir.; Konuralp, which is connected to central town of Düzce province and located 6 kilometres away from the city center, was built on the ancient Roman city Prusias Ad Hypium dating back to third century BC. It is a multicultural settlement where historical stratification of the Roman, Byzantine, Ottoman and Republican periods can be observed. In the historic fabric of the settlement, apart from the traditional houses built in the 20th century, there is a theater, a bridge, walls, aqueducts, a fountain from the ancient period and a bath, a tomb, graves and a fountain from the Ottoman period.Within the scope of the study, analyzes related to traditional texture were conducted and as a result of these analyzes, deterioration of the texture and conservation problems were found out. The architectural features of the traditional buildings, which have survived to the present day by conserving their original characteristics, were defined. The conservation status in the traditional settlement of Konuralp was evaluated through decisions on archaeological sites and registration and current projects. In order to solve the problems in the traditional settlement areas and archaeological sites, proposals of conservation were developed at settlement scale.The main objective of the study is to develop a proposal of conversation with a holistic approach for Konuralp district, which has a multi-layered and original texture due to positioning of traditional tissue around the archaeological sites.
2019-01-01T00:00:00ZAcınetobacter baumannii enolazının klonlanması ve ın silico analiziAta, Anılhttps://acikbilim.yok.gov.tr/handle/20.500.12812/7429862023-09-22T12:44:04Z2020-01-01T00:00:00ZAcınetobacter baumannii enolazının klonlanması ve ın silico analizi
Ata, Anıl
Gram negatif, nozokomiyal fırsatçı bir patojen olan Acinetobacter baumannii, dünya genelinde sağlık bakım ünitelerinde ciddi enfeksiyonlara neden olmaktadır. A. baumannii'nin sebep olduğu en yaygın enfeksiyonlar ventilatör ilişkili pnömoni ile kan dolaşımı enfeksiyonlarıdır. A. baumannii'nin antibakteriyel ilaçların etkisinden etkili bir şekilde kaçmayı başaran en ciddi organizmalardan biri olduğu Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından açıklanmıştır. Bu açıklama A. baumannii'nin sebep olduğu enfeksiyonları tedavi etmek için alternatif ilaç adaylarının araştırılması gerekliliğini ortaya koymaktadır. Geleneksel metotlar kullanarak yeni ilaçların geliştirilmesi; para ve iş gücü bakımından maliyetli ve yıllar süren bir prosestir. Son zamanlarda, bilgisayar destekli ilaç tasarımı, yeni ilaç keşfetme ve geliştirme alanında maliyeti ve zamanı önemli derecede düşürdüğü için büyük önem kazanmıştır. A. baumannii'nin glikolitik yolağında bulunan enolaz, Mg+2 iyonları varlığında, tersinir olarak 2-fosfogliseratın fosfoenol pirüvata dönüşümünü katalize eden önemli bir enzimdir. Bu tez çalışmasında enolaz, A. baumannii'nin enerji metabolizmasındaki bu görevinden dolayı hedef molekül olarak seçilmiştir. İleri in vitro karakterizasyon ve inhibitör test çalışmalarında kullanmak amacıyla, A. baumannii enolaz geni literatürde ilk defa klonlanmıştır, ekspresyon çalışmaları yapılmıştır ve A. baumannii enolazının açık ve kapalı konformasyonları için homoloji modelleme ve moleküler yanaştırma çalışmaları gerçekleştirilmiştir.Bu tez çalışması sonucunda elde edilen tüm bu sonuçlar doğrultusuda; yapıya dayalı ilaç tasarımı yaklaşımına dayanarak yeni görüşler oluşturulabilecek ve enolaz, Acinetobacter baumannii'nin sebep olduğu enfeksiyonları baskılamak için aday olabilecektir.; Acinetobacter baumannii brings about serious infections in hospitals across the world. Bacteremia and ventilator-associated pneumonia are the most prevalent infections which A. baumannii causes. WHO announced A. baumannii is one of the most critical organisms which can escape the effects of antibiotics. This announcement shows that alternative drug candidates should be developed in order to treat A. baumannii infections. The development of new drugs using conventional methods is costly process with regard to manpower, money and it takes many years. Computer-aided drug discovery has become important in the field of new drug discovery and development on account of decreasing time and cost considerably in the recent times. Enolase found in the glycolytic pathway of A. baumannii is a key enzyme that catalyzes the reversible conversion of 2-phosphoglycerate to phosphoenolpyruvate in the presence of Mg2+ ions. In this study, A. baumannii enolase was selected as a target molecule due to its duty in the energy metabolism of the bacteria. The gene encoding enolase from A. baumannii was cloned to be used for further in vitro characterization and inhibitor testing researches. Homology modelling methods and docking analyses were carried out for open and closed conformations of A. baumannii enolase for the first time in the literature.All these results may pave the way for new approaches related to computer-aided drug discovery studies and enolase may be a candidate molecule to struggle against A. baumannii infections in human.
2020-01-01T00:00:00ZÇin hamster overi hücre hattında doksorubisin ile birlikte epigallokateşin gallat, rosmarinik asit uygulanmasıyla rapamisin memeli hedefi protein düzeylerinin araştırılmasıHelvacıoğlu, Sinemhttps://acikbilim.yok.gov.tr/handle/20.500.12812/7429872023-09-22T12:44:04Z2020-01-01T00:00:00ZÇin hamster overi hücre hattında doksorubisin ile birlikte epigallokateşin gallat, rosmarinik asit uygulanmasıyla rapamisin memeli hedefi protein düzeylerinin araştırılması
Helvacıoğlu, Sinem
Doksorubisin en yaygın kullanılan kemoterapötik ajanlardan biridir. Sitotoksik özelliğinden dolayı kanser hücrelerinde etkilidir. Fakat sadece kanser hücrelerini etkilemeyip normal sağlıklı hücreler üzerinde de istenmeyen etkilere sahiptir. Rosmarinik asit, fenolik bir bileşiktir. Kaffeik asit ve 3,4-dihidroksifennillaktik asidin esteridir. Rosmarinik asit, antioksidan ve antienflamatuar etkilere sahiptir. Rosmarinik asit tek başına veya diğer antioksidanlarla, esansiyel yağ asidi takviyeleri ve diğer bitki türevi ürünlerle birlikte kullanılmaktadır. Bir başka fenolik bileşik olan epigallokateşin gallat, çay yapraklarında en bol bulunan kateşin ve güçlü antioksidandır. Epigallokateşin gallat birçok diyet takviyesinde kullanılır. Hem Epigallokateşin gallat hem de Rosmarinik asit fenolik bileşikler olsalar da, farklı kimyasal sınıflara aittirler. Epigallokateşin gallat, gallik asit ile esterleştirilmiş flavan-3-ol yapısında olan tanindir. Rosmarinik asit bir fenolik asittir. Rapamisin memeli hedefi, büyüme faktörleri, besin mevcudiyeti ve immün-düzenleyici sinyaller gibi çeşitli çevresel faktörlere cevaben hücresel büyüme ve proliferasyonu indükleyip, değiştirir.Bu çalışmanın amacı, öncelikle Çin Hamsteri Yumurtalık hücre hattında Doksorubisin'in, Epigallokateşin gallat'ın ve Rosmarinik asit'in sitotoksisitesini hücre canlılığı için etkin olarak kullanılan WST-1 testiyle değerlendirmek ve daha sonra Western blotlama yöntemiyle Rapamisin memeli hedefi protein düzeylerinin araştırılmasıdır. 24 saat, 48 saat ve 72 saat süre ile inkübe edilen CHO hücrelerinde Rosmarinik asit, Epigallokateşin gallat ve Doksorubisin için IC50 değerleri hesaplandı. Epigallokateşin'in IC50 değerleri 24 saat için 299.512 uM, 48 saat için 276.694 uM ve 72 saat için 267,511 uM olarak bulunmuştur. Rosmarinik asit 0.0625-1 mM konsantrasyonlarında 24, 48 ve 72 saat boyunca hücrelere uygulanmıştır. Rosmarinik asit, uygulanan yüksek dozlara rağmen hücre canlılığında azalmaya neden olmamıştır. Bu yüzden IC50 hesaplanamamıştır. Doksorubisin'in IC50 değeri 24 saat için 696.817 nM, 48 saat için 467 nM ve 72 saat maruz bırakılınca 131.008 nM olarak bulunmuştur.Doksorubisin'in neden olduğu sitotoksisiteye karşı Rosmarinik asit'in koruyucu etkisinin daha fazla olduğu bulunmuştur. Bu sonuçlara göre seçilen dozlar ile Western blot yapıldığında Doksorubisin uygulanan grupta 250 nM'dan 2000 nM doza kadar Rapamisin memeli hedefi protein seviyesi azalmıştır. Rosmarinik asit ve Epigallokateşin gallat uygulanan gruplarda da protein seviyesi kontrol grubuna kıyasla azalma göstermiştir. Bu azalmanın nedeninin oksidatif strese bağlı olduğu düşünülmektedir.Mekanizmanın tam olarak aydınlatılması için farklı yöntemlerle in vitro ve in vivo çalışmalar yapılmalıdır.Anahtar Kelimeler: Doksorubisin, Rosmarinik asit, Epigallokateşin gallat, western blot, sitotoksisite; Investigation of Rapamicine Mammalian Target Protein Levels in the Chinese Hamster Ovary Cell Line with Application of Doxorubicin is commonly used chemotherapeutic agents. It is effective in cancer cells due to its cytotoxic properties. However, it not only affects cancer cells but also has undesirable effects on normal healthy cells. Rosmarinic acid is a member of many Lamiaceae families including caffeic acid ester and Rosmarinus officinalis. Rosmarinic acid has antioxidant and anti-inflammatory effects. Rosmarinic acid can be used alone or in combination with other antioxidants and other plant-derived products. Epigallocatechin gallate, another phenolic compound, is the most abundant catechin and strong antioxidant in tea leaves. Epigallocatechin gallate is used in many dietary supplements. Although both Epigallocatechin gallate and Rosmarinic acid are phenolic compounds, they belong to different chemical classes. Epigallocatechin gallate is a tannin of flavan-3-ol esterified with gallic acid. Rosmarinic acid is a phenolic acid. Rapamycin mammalian target induces and alters cellular growth and proliferation in response to a variety of environmental factors such as, growth factors, nutrient availability, and immunoregulatory signals.The aim of this study was to evaluate the cytotoxicity of Doxorubicin, Epigallocatechin gallate and Rosmarinic acid in the Chinese Hamster Ovary cell line with the WST-1 assay, which is effectively used for cell viability, and the second aim is to investigate the mammalian target protein levels by Western blotting. IC50 values for Rosmarinic acid, Epigallocatechin gallate and Doxorubicin were calculated in CHO cells incubated for 24 hours, 48 hours and 72 hours. IC50 values of epigallocatechin were 299.512 uM for 24 hours, 276.694 uM for 48 hours and 267,511 uM for 72 hours. Rosmarinic acid was applied to the cells at concentrations of 0.0625-1 mM for 24, 48 and 72 hours. Rosmarinic acid did not cause a decrease in cell viability despite high doses. Therefore, IC50 could not be calculated. The IC50 value of Doxorubicin was found to be 696.817 nM for 24 hours, 467 nM for 48 hours and 131.008 nM when exposed to 72 hours. It has been found that Rosmarinic acid has a higher protective effect against cytotoxicity caused by Doxorubicin. According to these results, Western blot was performed with selected doses, Rapamycin mammalian target protein level decreased from 250 nM to 2000 nM doses in Doxorubicin treated group. In the groups treated with Rosmarinic acid and Epigallocatechin gallate, the protein level decreased compared to the control group. This reduction is thought to be due to oxidative stress.In vitro and in vivo studies with different methods should be performed to fully clarify the mechanism.Keywords: Doxorubicin, Rosmarinic acid, Epigallocatechin gallate, western blot, cytotoxicity
2020-01-01T00:00:00ZAsetilketen ile yeni reaksiyonlarGüleli, Mügehttps://acikbilim.yok.gov.tr/handle/20.500.12812/7429882023-09-22T12:44:04Z2019-01-01T00:00:00ZAsetilketen ile yeni reaksiyonlar
Güleli, Müge
Günümüzde yaygın olarak kullanılan ve anti-bakteriyel, anti-inflamatuar, anti-kanser, anti-HIV, anti-viral, anti-mikrobiyal gibi biyolojik özelliklere sahip birçok ilacın yapısında heterohalkalı bileşikler bulunur. Dolayısıyla yeni geliştirilen aktif moleküllerde bir heterohalkalı grup içermektedir ve bu sentezlerde halka kapama reaksiyonları önemli rol oynamaktadır.Çalışmamızın amacı; literatüre biyolojik aktiviteye sahip yeni moleküller kazandırmak ve bu moleküllerin sentezi esnasındaki reaksiyon mekanizmasını aydınlatmaktır. Başlangıç maddesi olarak organik sentezlerde oldukça yaygın kullanılan ve çok reaktif olan asetilketen kullanıldı. Bu açilketen ile benzilaminin reaksiyonu sonucu N-benzil-3-oksobutanamid sentezlendi. Bu bileşiğin çeşitli aromatik aldehitler ve aromatik aminlerle katalitik miktarda p-toluensülfonik asit ya da iyot varlığında halka kapama reaksiyonları one-pot olarak gerçekleştirildi. Kinolin ve izoksazol türevi 10 adet yeni bileşik sentezlenerek yapıları FTIR, 1H-NMR, 13C-NMR ve LC-MS/MSQTOF ile aydınlatılmıştır. Sentezlenen moleküllerden bazılarının biyolojik aktivite çalışmaları gerçekleştirilmiş ve kanser hücreleri üzerinde aktiviteleri olduğu görülmüştür.; Nowadays, there are many drugs containing heterocyclic compounds which are commonly used and have biological properties such as anti-bacterial, anti-inflammatory, anti-cancer, anti-HIV, anti-viral and anti-microbial. Thus, the newly developed active molecules contain a heterocyclic group and ring closure reactions play an important role in these syntheses. The aim of our study is to introduce new molecules with biological activity to the literature and to clarify the reaction mechanism leading to the synthesis of these molecules. As the starting material, acetylketene, which is very reactive and widely used in organic syntheses, was used. N-Benzyl-3-oxobutanamide was synthesized as a result of the reaction of acetylketene with benzylamine. The ring closure reactions of this compound with various aromatic aldehydes and aromatic amines in the presence of catalytic amounts of p-toluenesulfonic acid or iodine were carried out as one-pot. 10 new compounds which are quinolone and isoxazole derivative were synthesized and characterized by FTIR, 1H-NMR, 13C-NMR ve LC-MS/MSQTOF techniques. Biological activity studies of some of the synthesized molecules have been performed and it has been observed that they have activities on cancer cells.
2019-01-01T00:00:00Z